Das Bayerische Hauptstaatsarchiv wurde 1921 durch den Zusammenschluss der vormaligen selbständigen Zentralarchive Allgemeines Reichsarchiv / Allgemeines Staatsarchiv, Geheimes Staatsarchiv und Geheimes Hausarchiv mit dem Kreisarchiv München gegründet. Im Jahre 1946 wurde das bislang eigenständige Kriegsarchiv München dem Bayerischen Hauptstaatsarchiv als Abteilung angegliedert, 1971 wurde das Kreisarchiv München zum Staatsarchiv München verselbstständigt. Die letzte Reorganisation erfolgte 1978 mit der Auflösung der ‚Provenienzabteilungen‘ Allgemeines Staatsarchiv und Geheimes Staatsarchiv sowie der Einführung der Abteilungen I. Ältere und II. Neuere Bestände.